Les aires protégées font régulièrement face à des défis tels que la recrudescence des feux de forêt et des exploitations illégales.
Des milliers d'experts, issus du secteur public et d'organisations non gouvernementales, travaillent en étroite collaboration avec les communautés locales pour créer et gérer des Aires Protégées à Madagascar. Malgré la dégradation de l'économie nationale, ces endroits spéciaux regorgent de nombreuses espèces faunistiques et floristiques endémiques ainsi que de nombreux types d'écosystèmes et de paysages différents, qui méritent d'être protégés et conservés pour les générations futures.
Les Aires Protégées sont considérées comme des précurseurs de changement vers une croissance économique durable, en particulier dans les zones rurales pauvres. La Coalition pour les Aires Protégées de Madagascar met en œuvre des solutions pour les besoins de Madagascar à travers la gestion des Aires Protégées et la mobilisation des agents du changement. Les communautés de base résidant autour de l'Aire Protégée COMATSA, gérée par WWF, ont organisé des patrouilles communautaires en mobilisant les agents dénommés "Polisinala" pour contrôler les zones de transfert de gestion et réduire les pressions sur les forêts, comme l'exploitation illicite des ressources naturelles.
La méthode Waterbox utilisée dans l'aire protégée d'Oronjia a permis d'atteindre un taux de survie des jeunes plants de 71% contre 61% pour la méthode traditionnelle. Dans le Menabe, le projet "Titre vert" vise à déplacer les migrants vers un site aménagé, tandis que dans l'Est de Madagascar, le projet "Paysages durables" a contribué à réduire la déforestation grâce à l'implication des communautés locales et au financement de Green Climate Fund.